三峡研究院是重庆三峡学院直属业务单位，下辖重庆市人文重点社科基地—三峡库区可持续发展研究中心和社团组织—三峡移民与经济发展研究会。三峡研究院以“立足三峡，服务库区”为使命，密切结合三峡库区的重大现实问题开展科学研究、学术交流和社会服务工作，致力于打造成为在重庆市有一定影响的、研究特色鲜明的科研平台，努力成为三峡库区重要的科研中心、学术交流平台以及咨询服务机构。经过长期建设，已形成“三峡库区农业与农村发展研究中心”、“三峡库区民俗文化研究中心”、“三峡库区市场与品牌研究中心”、“三峡库区生态环境研究中心”四个具有地域特色、相对稳定的研究方向，对三峡库区和渝东北地区经济社会发展发挥了不可替代的引领作用。三峡研究院现有专兼职研究人员近50人,其中，教授28人，具有博士学位21人；每年面向校内外设立开放基金项目10-15项，调研项目2项，开展针对三峡库区的科学研究；每年主办出版学术刊物《三峡库区可持续发展年度研究专题报告》1部，《三峡观察与研究》2期。